Humboldt-Pinguine sind stark bedroht. Leergefischte Meere, fehlende Brutplätze durch Guanoabbau, unkontrollierter Tourismus in den Brutkolonien und Fang der Pinguine als Köderfleisch machen den „Vögeln im Frack“ schwer zu schaffen.

Intensive Schutzmaßnahmen sind notwendig. Sphenisco e.V. fördert in Zusammenarbeit mit chilenischen Naturschützern, Wissenschaftlern und neun europäischen Zoos Projekte, die den Pinguin vor der Ausrottung bewahren sollen. Dazu gehören Maßnahmen wie Betreuung von Brutgebieten, Umweltbildung, wissenschaftliche Untersuchungen und Erschließen alternativer Einkommensquellen für die einheimische Bevölkerung.